Tại nước Nhật thời xưa, cuộc sống bình lặng của Kubo, một cậu bé thông minh, lanh lợi, nhanh chóng bị đảo lộn khi cậu vô tình triệu hồi một hồn ma bí ẩn đến từ quá khứ, mang trong mình vốn nợ máu có từ ngàn xưa.